Χώρισε δύο χρόνια μετά το γάμο του με τη νεαρή Μαρία Ιωαννίδου, ο πρώην δήμαρχος Θεσσαλονίκης Γιάννης Μπουτάρης
Το χωρισμό του αποκάλυψε ο ίδιος σε συνέντευξη με αφορμή το βιβλίο του «Εξήντα χρόνια τρύγος».
Με τη Μαρία Ιωαννίδου ήταν παντρεμένος από το 2018. Ο 76χρονος τότε δήμαρχος Θεσσαλονίκης αποφάσισε να ανταλλάξει όρκους αγάπης με τη σύντροφό του και να παντρευτεί με σύμφωνο συμβίωσης, όπως και έγινε.
Ύστερα από τον θάνατο της πρώτης του γυναίκας Αθηνάς ο Γιάννης Μπουτάρης έκανε δεσμό με την Αυστριακή Γκαμπριέλα Σάινερ, με την οποία έζησε μαζί επί 13 ολόκληρα χρόνια. Χώρισαν το 2015. Έπειτα γνώρισε την κοσμηματοπώλισσα Μαρία Ιωαννίδου.
Το ζευγάρι Μπουτάρη – Ιωαννίδου, παντρεύτηκε το 2018 και ζούσε μέχρι πρότινος σε ένα διαμέρισμα στον πεζόδρομο της Αγίας Σοφίας, στο κέντρο της Θεσσαλονίκης, μαζί με τα δύο παιδιά της Μαρίας Ιωαννίδου.
Όμως ήλθε η ώρα του χωρισμού. Ο Γιάννης Μπουτάρης το επιβεβαίωσε και δημοσίως λέγοντας: «Τώρα δεν είμαι με καμία. Η γυναίκα που αγαπούσα πέθανε. Μ’ αυτήν ήμουν ερωτευμένος από τα δεκαέξι μου. Κάναμε παιδιά, εγγόνια, χωρίσαμε… Μόνος μένω. Παντρεύτηκα ξανά πριν από δύο χρόνια, αλλά ο γάμος απέτυχε».