Μπορεί τα αίτια εμφάνισης της σκλήρυνσης κατά πλάκας να παραμένουν άγνωστα, αλλά όλο και περισσότερες έρευνες εικάζουν πως οφείλεται στη μη φυσιολογική λειτουργία του ίδιου του ανοσοποιητικού συστήματος.
Κατά συνέπεια το ίδιο το σύστημα να επιτίθεται στον εγκέφαλο και στο νωτιαίο μυελό με συνέπεια να προκαλείται σταδιακή καταστροφή των νεύρων του νωτιαίου μυελού, του εγκεφάλου και των ματιών.